Ha Ka Se+ STORIES 先輩博士の声

STORY 09
Learning and Growing
Through Doctoral Research
in Water Safety
学びと成長の博士課程
― 水の安全性研究の現場から
R.R.N.A.B.W.M.RASINDU UPAMALI GALAGODA
Country of Origin: Democratic Socialist Republic of Sri Lanka
出身国:スリランカ民主社会主義共和国

Project for Outstanding Next Generation Ph.D. students
Graduate School of Natural Science and Technology
Division of Environmental Design
Completed in AY 2024
次世代精鋭人材創発プロジェクト
自然科学研究科 環境デザイン学専攻
2024年度修了

01 Motivation for Going on to Doctoral Course and Research Focus
博士進学を決めたきっかけ、博士後期課程で取り組んだ研究は?

A Doctoral Path in Microbial Water Safety
微生物学的な水の安全性における博士研究の道

 I began considering a doctoral path during my Master’s program at Kanazawa University. As I deepened my research into environmental microbiology and water safety, I realized that a Ph.D. would allow me to explore these issues at a much deeper scientific level and make a meaningful contribution to public health. Kanazawa University offered the ideal environment: its advanced facilities, interdisciplinary research opportunities, and strong international focus aligned perfectly with my goals. I was particularly inspired by the supportive academic culture and the mentorship I received, which gave me the confidence to pursue complex challenges. During the doctoral program, I gained not only technical expertise in DNA sequencing and bioinformatics but also broader skills in project design, international collaboration, and scientific communication. It was an intellectually intense but highly rewarding journey that shaped my identity as an independent researcher.
 私は金沢大学の博士前期課程の間に博士進学を考え始めました。環境微生物学や水の安全性に関する研究を深める中で、博士後期課程で学ぶことでこれらの課題をより深い科学的視点から探求し、公衆衛生に意義ある貢献ができると実感しました。金沢大学は、先進的な設備や学際的な研究機会に恵まれ、そして国際性も重視した理想的な環境で、私の目標に完璧に合致していました。特に、支え合う学術環境と修学指導の体制が、複雑な課題に挑戦する自信を与えてくれ、大きな刺激となりました。
博士後期課程では、DNAシークエンシングやバイオインフォマティクスの技術的専門知識だけでなく、プロジェクト設計、国際協力、科学コミュニケーションといった幅広いスキルも身につけました。知的に非常に濃密でありつつ、大変充実したこの経験は、自立的な研究者となる礎となっています。
 During my Ph.D. at Kanazawa University, I investigated the ecological and genomic dynamics of bacterial pathogens in urban water systems. My research focused on quantifying and tracking potential pathogenic bacteria through wastewater treatment processes and urban surface waters, especially in tropical environments like Bangkok. I developed and applied a novel pathogen-targeted 16S rRNA-based database coupled with a quantitative sequencing (qSeq) method to comprehensively detect and quantify pathogenic genera. Additionally, I explored the resistance mechanisms of environmental Mycobacteria against chlorine disinfection by combining culture-based isolation, genome sequencing, and transcriptomic analysis. This work provided crucial insights into the persistence, risk, and ecological behavior of pathogens, contributing new methods for surveillance and control of microbial contamination in urban water cycles.
 金沢大学での博士後期課程では、私は都市の水環境における細菌病原体の生態学的およびゲノムレベルでの動態を調査しました。特にバンコクのような熱帯環境において、下水処理プロセスや都市の表流水を通じて存在する潜在的な病原菌の定量と追跡に焦点を当てました。新たに病原体を標的とした16S rRNAベースのデータベースを構築し、それに定量的シークエンス(qSeq)法を組み合わせて、病原性属を網羅的に検出・定量化する手法を開発・応用しました。加えて、環境中のマイコバクテリアが塩素消毒に対して持つ耐性メカニズムを、培養分離、メタゲノム解析、およびトランスクリプトーム解析を組み合わせて解明しました。本研究は、病原体の持続性やリスク、生態的挙動について重要な知見を提供するとともに、都市の水循環における微生物汚染の監視と制御のための新たな方法論の開発に貢献しました。

02 Lessons and Benefits thorough doctoral course
博士進学で得られたこと、よかったことは?

Growing Stronger as a Person Through Balancing Research and Parenthood
研究と子育ての両立による人間的な成長

 What I found most meaningful was how my research addressed real-world health challenges, specifically the invisible microbial threats circulating in the water we use daily. I was deeply motivated by the idea that improving pathogen monitoring in water systems could help protect vulnerable communities from preventable diseases. The interdisciplinary nature of the work from molecular microbiology to environmental engineering kept me intellectually engaged. I especially valued developing tools like the pathogen database and applying them in real field contexts. Working in diverse environments, such as wastewater plants in Japan and rivers in Thailand and Sri Lanka, made the research both scientifically rigorous and socially relevant.
 私が最も意義を感じたのは、自分の研究が現実の健康課題、特に私たちが日常的に利用する水中に潜む目に見えない微生物の脅威に取り組んでいる点でした。水環境における病原体のモニタリングを改善することで、脆弱なコミュニティを予防可能な疾病から守る手助けができるという発想に強く心を動かされました。分子微生物学から環境工学までを横断する学際性は、私の知的好奇心を常にかきたてました。特に、病原体データベースの開発やそれを実際のフィールドで応用することに大きな価値を感じました。日本の下水処理施設や、タイ、スリランカの河川といった多様な環境での研究は、科学的な厳密性と社会的な意義の両方を兼ね備えたものとなりました。
 The doctoral program helped me grow into an independent researcher with specialized skills in microbial risk assessment and DNA sequencing-based pathogen detection. It also gave me the chance to contribute to global health and water safety through international research collaborations. Beyond academic achievements, I developed critical thinking, scientific writing, and leadership skills.
 博士後期課程では、微生物リスク評価やDNAシークエンシングを用いた病原体検出に関する専門的な技術を身につけ、自立した研究者へと成長することができました。また、国際的な研究協力を通じて、グローバルな健康や水の安全に貢献する機会にも恵まれました。学術的な成果だけでなく、批判的思考力、科学的文章力、リーダーシップといった幅広いスキルも養うことができました。
 However, the journey was not without challenges. Managing complex experiments, data analysis, and manuscript writing under tight deadlines was demanding. Occasional setbacks in fieldwork or experimental reproducibility tested my confidence. I overcame these through careful planning, learning from mistakes, and staying connected with mentors and peers. One of the greatest challenges was balancing research with my responsibilities as a new parent. Raising my son during the Ph.D. required strong time management, emotional resilience, and support from both my family and academic mentors. Sleepless nights and family health needs sometimes disrupted my research rhythm, but I adapted and stayed focused. These experiences ultimately made me stronger and more grounded, not just as a scientist but as a person. They reminded me of the deeper purpose behind my work: to contribute to a safer and healthier future for the next generation.
 しかし、道のりは決して平坦ではありませんでした。複雑な実験やデータ解析、論文執筆を締め切り内にこなすのは大変な負担でした。フィールドワークのトラブルや実験の再現性が得られないこともあり、自信が揺らぐこともありましたが、綿密な計画、失敗からの学び、そしてメンターや仲間とのつながりを通じて乗り越えました。最大の挑戦は、新米の親としての責任と研究の両立でした。博士後期課程の間に息子を育てることは、時間管理や精神的な強さ、家族や指導教員からの支えが不可欠でした。睡眠不足や家族の健康問題で研究のペースが乱れることもありましたが、柔軟に対応し集中力を保ちました。これらの経験は、科学者としてだけでなく、一人の人間としても私をより強く、しっかりとした存在にしてくれました。そして、私の研究が持つより深い意義、すなわち次世代のためにより安全で健康な未来を築くことに貢献する使命を改めて思い起こさせてくれました。

03 Career Path after Ph.D. and Message to Students for HaKaSe⁺ Juniors
修了後のキャリアと後輩へのメッセージ

Motivation and Professional Growth through HaKaSe⁺
HaKaSe+を通じた学術的モチベーションと専門的な成長

 I am currently working as a specially appointed Assistant Professor in the Faculty of Biological Science and Technology at Kanazawa University. My main responsibilities include conducting research on microbial ecology, plastisphere microbiome and waterborne pathogens, supervising students, and contributing to collaborative international projects. I am also involved in academic programs and student engagement within the department. What I find most fulfilling is the opportunity to mentor young researchers and apply my expertise to real-world environmental and public health challenges, making a meaningful impact through both science and education.
 現在、金沢大学の理工研究域生命理工学系にて特任助教として勤務しています。主な業務は、微生物生態学、プラスチック周囲微生物群集(プラスチスフィア)および水系病原体に関する研究の実施、学生の指導、そして国際的な共同研究プロジェクトへの参画です。また、学内の教育プログラムや学生支援にも携わっています。最もやりがいを感じるのは、若手研究者の指導に携わり、自分の専門知識を環境や公衆衛生の現実的な課題に活かして、科学と教育の両面から社会に貢献できることです。
 I chose this position because it allows me to live my passion: conducting meaningful research that addresses real-world environmental and public health issues. My top priorities in making a career decision were staying engaged in active research, having the opportunity to mentor students, and contributing to international scientific collaboration. This role aligned perfectly with my long-term goals, offering both academic freedom and the chance to continue working on topics I care deeply about, such as microbial safety in aquatic systems and sustainable environmental and public health solutions.
 私は、自分の情熱を生かせる仕事であること、つまり現実の環境問題や公衆衛生課題に取り組む意義ある研究ができることを重視してこの職を選びました。キャリア選択の際の最優先事項は、積極的に研究に関わり続けられること、学生を指導する機会があること、そして国際的な科学協力に貢献できることでした。この職は、私の長期的な目標と完全に一致しており、学問の自由を享受しつつ、特に水環境における微生物の安全性や持続可能な環境・公衆衛生ソリューションといった、自分が深く関心を持つテーマに取り組み続ける機会を提供してくれます。
 The skills and knowledge I gained during my doctoral program are directly applied in my current work. From advanced microbial analysis techniques and bioinformatics to research design and scientific writing, the foundation built during my Ph.D. enables me to lead projects, publish findings, and guide student research with confidence. I also draw on the interdisciplinary mindset and international collaboration skills developed during my doctoral studies. Since entering the workforce, I’ve come to appreciate even more the value of my Ph.D. training—not only for the technical expertise it provided, but also for shaping my ability to think critically, manage complex tasks, and contribute meaningfully to both science and society.
 博士後期課程で身に付けた知識や技術は、現在の仕事にそのまま活かされています。高度な微生物解析技術やバイオインフォマティクスから、研究デザインや科学的文章作成に至るまで、博士課程で築いた基盤があるからこそ、自信を持ってプロジェクトを主導し、研究成果を発表し、学生の指導を行うことができます。また、博士後期課程で培った学際的な考え方や国際共同研究のスキルも活きています。社会人になってからは、博士後期課程での経験の価値をより一層実感しています。単なる技術的専門知識だけでなく、批判的思考力を養い、複雑な業務をマネジメントし、科学と社会の両方に意義ある貢献をする能力を形成してくれました。
 In the future, I aim to become a leading researcher in environmental microbiology, focusing on aquatic environmental health. I hope to expand international collaborations, mentor the next generation of scientists, and develop practical solutions that address microbial risks in diverse and vulnerable communities worldwide.
 将来的には、水環境の保全に焦点を当てた環境微生物学の分野で第一線の研究者になることを目指しています。国際的な共同研究を拡大し、次世代の科学者を指導するとともに、多様で脆弱なコミュニティにおける微生物リスクに対応する実践的な解決策を開発したいと考えています。
 Being selected for HaKaSe⁺ was a source of encouragement and motivation: it affirmed the value of my work and gave me a strong sense of academic purpose. Additionally, working as a research assistant in the same laboratory offered hands-on experience and continuous learning through mentorship and collaboration. Together, these supports created a stable and stimulating environment that helped me grow both as a researcher and as a professional.
 HaKaSe⁺に選ばれたことで自分の研究が認められたという励みになり、学術的な目標に向かって前向きに取り組む力を得ました。また、同じ研究室でリサーチ・アシスタント(RA)として働く機会もあり、メンターの指導や共同研究を通して実践的な経験を積み、学びを深めることができました。これらの支援があってこそ、安定的な環境のもとで研究者として、そしてプロフェッショナルとして成長できたと感じています。
 Pursuing doctoral studies is not just about gaining knowledge; it's about developing the ability to think independently, solve real-world problems, and create meaningful impact. Stay curious, resilient, and open to collaboration. If your research aligns with your passion, it becomes a lifelong mission. I believe science is not only a quest for truth, but a promise to serve.
 博士後期課程で学ぶことは、単に知識を得るだけではなく、自ら考え、現実の問題を解決し、社会に意味のある影響をもたらす力を養うことです。好奇心を持ち続け、困難に負けず、他者との協力に心を開いてください。もしあなたの研究が情熱と一致するなら、それは生涯をかけた使命となるでしょう。私は、科学とは単なる真理の探求ではなく、社会に奉仕するという約束だと信じています。